他不喜欢儒家文化,所以经常都与尊崇儒学的百官发生冲突。在他在任期间曾发生两次士祸,分别为1498年的戊午士祸,及1504年的甲子士祸。其中甲子士祸的成因,是燕山君听信外戚官员任士洪谗言,追捕与生母尹氏案件相关人士并加以杀害。另外,燕山君常带官妓到处游玩,并对进谏功臣一个个施以酷刑,是李氏朝鲜史无前例的极恶无道、冷酷无情的君主。
1506年,中宗反正九月一日(阴历),吏曹判书柳顺汀、知中枢府事朴元宗、副司勇成希颜等人发动政变,组织军队扑杀外戚慎守勤和任士洪,随后包围昌德宫,驱散宫中卫队后迫使燕山君退位,并以慈顺大妃(成宗王后,晋城大君生母)的名义命令燕山君交出国王印玺。
燕山君先是百般抵赖,但最后不得不于九月二日清晨交出玉玺。政变发起者随即赴晋城大君私宅,将其迎入景福宫,在勤政殿即位,是为朝鲜中宗。