巴东，古名为“巴”，主要分布在今川东、鄂西一带。相传周以前居武落钟离山（今湖北长阳西北）一带，廪君为著名首领，后向川东扩展。周武王克殷，封为子国，称巴子国。
春秋时与楚、邓等国交往频繁，对鄂西、川东的开发有重要贡献。
周慎靓王五年（前316年）并于秦，以其地为巴郡。族人在川境的，部分称板楯蛮；南移到今湘西的构成武陵蛮的一部分；先后移到今鄂东的，东汉时称为江夏蛮，两晋、南北朝时称五水蛮。
东汉建安六年（201年）改固陵郡置。治所在鱼复（复）（今重庆市奉节县东，三国蜀汉改永安，晋复名鱼复）。辖境相当于今四川开县、万县以东，巫山西部以西的长江南北和大宁河中上游一带。刘璋分巴郡置巴东属国。治所在涪陵（今四川彭水）。辖境相当今四川东南部的黔江、彭水、武隆、酉阳等县地。建安末刘备改其为涪陵郡。
隋开皇初废郡，隋大业时又曾改信州为巴东郡。三国时为蜀汉东部门户，有重兵屯守于此，隋开皇十八年（598年）置巴东县。
唐武德二年（619年）置归州，辖秭归、巴东二县，治所在秭归。天宝元年（742年）改置巴东郡、治秭归。乾元年（758年）复置归州。
宋代仍名归州。
元至元十四年（1277年）升为归州路，隶湖广行中书省，十六年（1380年）降为州。
明洪武九年（1376年）废归州置秭归县，此时巴东县隶夷陵州（治所在夷陵，即宜昌）。十三年（1380年）复置归州，辖兴山、巴东二县。
清顺治五年（1648年），改“夷陵”为“彝陵”。
清雍正七年（1729年）升归州为直隶州，辖长阳、兴山、巴东、恩施四县及容美、龙潭19个土司。
清雍正十三年（1735年），升彝陵州为宜昌府，改彝陵县为东湖县并为宜昌府治所，领东湖、兴山、巴东、长阳、长乐5县及归州、鹤峰2州，隶属荆宜施道。归州降为县级州，此时巴东县隶宜昌府。
民国初年（1912年）废府、州建制，实行省、道、县三级制，巴东县属荆南道。
民国二十一年（1932年），巴东县从宜昌行政督察区划入恩施行政督察区，恩施地区始为8县之治。
1949年，属恩施专区。
1970年，属恩施地区。
1983年，属鄂西土家族苗族自治州（治所在恩施）。
1985年，筹备建立三峡省，巴东县是三峡省（筹）的行政区划范围。
1986年，放弃三峡省筹备，仍属湖北省鄂西自治州。
1993年，属恩施土家族苗族自治州。