虽然至今仍不能完全明确口腔溃疡的确切病因,但专家认为舌头溃疡的发生是多种因素综合作用的结果。免疫、遗传和环境可能是口腔溃疡发病的“三联因素”,即遗传背景与适当的环境因素(包括精神神经体质、心理行为状态、生活工作和社会环境等)可引发异常的免疫反应而出现口腔溃疡特征性病损。即外源性因素(病毒和细菌)和内源性诱导因素(激素的变化、精神心理因素、营养缺乏、系统性疾病及免疫功能紊乱)相互作用而致病。
患系统性疾病的患者易发生口腔溃疡,主要是通过影响免疫系统而致病。口腔溃疡与胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎、局限性肠炎、肝炎等有关。研究表明:30%-48%的口腔溃疡患者有消化道疾病,如腹胀、腹泻或便秘等情况。其中9%以上有消化道溃疡。