发病原因IC/BPS目前的发病原因不明。尽管如此,目前医学界研究已经提出了一些解释,其中包括:自身免疫学说、感染学说、神经学说、肥大细胞学说、衬里渗漏学说和尿毒物产生学说,其他的发病原因涉及到变态反应、遗传和应激-心理机制。最近的研究表明,IC/BPS病人的尿内含有一种抑制膀胱上皮细胞增殖的物质,可使膀胱易于感染,从而发生IC/BPS。临床和实验室证据确认肥大细胞在IC/BPS的发生中起着关键作用,因为该细胞释放组织胺,导致疼痛、肿胀、疤痕并干扰愈合过程。研究表明,IC/BPS病人膀胱的神经纤维显著增生。不管初始原因如何,业已明确的是病人膀胱衬里或输尿管上皮受损,当表面的氨基糖苷由于感染、过量咖啡或碳酸饮料等原因损伤脱落后,尿中的化学物质渗漏到周围组织,引起疼痛、炎症和尿路症状,大多文献支持这一观点。口服或通过导管使用硫酸聚戊糖可修复或重建损伤的膀胱衬里,减轻症状。很多研究已经注意到焦虑、应激和高反应性与IC/BPS的关联。