水生的种类有鳃,通常由外套膜内面皮肤伸展形成的,称为本鳃。每一鳃片鳃轴的两侧或一侧生有鳃丝,鳃上生有纤毛。依纤毛的运动使呼吸水流按一定线路通过鳃进行气体交换。有的种类本鳃消失,而用皮肤表面或在皮肤表面形成二次性鳃(后鳃类)进行呼吸。陆生种类外套膜的一部分形成脉网密集的肺室,借以在空气中呼吸。贝类的循环系统一般是开管式的,但在高等的头足类动脉管和静脉管由微血管联络成为闭管式。贝类循环系的中枢为心脏,心脏有1个心室,1个、2个或4个心耳。血液含血青素,一般无色,仅少数种类如双壳类的。蚶和腹足类的扁卷螺有血红素,血液为红色。贝类的排泄系统的主要器官为肾脏。肾由具纤毛的肾管形成,一端与围心腔相通,另一端在外套腔中开口。肾脏的数目因种类而异,有6对、2对、1对或仅1个的。除肾脏外,有的种类围绕心腔壁上的腺体或肝脏的一部分也有排泄功能。贝类的生殖系统包括生殖腺、生殖输送管、交接器和一些附属腺体。雌雄异体或雌雄同体。