元朝历史通常可以分为两个到三个阶段：
①1206年元太祖铁木真统一蒙古，立国位于漠北的蒙古草原，定国号为“大蒙古国”;到1271年元世祖忽必烈建都汉地，将国号改为大元之际，共六十五年，称为大蒙古国时期，又称蒙古帝国;
②元世祖忽必烈定都汉地，1271年将国号改为大元后，直到1368年元惠宗出亡为止，共九十七年，才是严格意义上的元朝历史;
③元惠宗出亡后依旧以大元为国号，至1402年鬼力赤杀顺天帝坤帖木儿去国号为止(一说1388年天元帝脱古思帖木儿被也速迭尔杀害后去国号)，称为北元时期。去国号后称蒙古，明廷称鞑靼。
1206年，成吉思汗铁木真统一漠北建立蒙古帝国后开始对外扩张，先后攻灭西辽、西夏(1227年8月)、花剌子模、东夏、金(1234年3月)等国，取得了中国华北地区和黄土高原地区。同一时间，大蒙古国在西方不断扩张，先后发动三次西征，形成了称霸欧亚大陆的国家，被欧洲称为蒙古帝国(Mongol Empire)。蒙哥汗去世后，引发了阿里不哥(拖雷第七子)与忽必烈(拖雷第四子)的汗位之争。1260年忽必烈即汗位，宣布即蒙古大汗位，是为薛禅汗，汉文称为元世祖。建元“中统”，意即“中原正统”。最后忽必烈于1264年获胜，而蒙古帝国也宣告分裂，促使蒙古四大汗国先后自立。忽必烈对于“蒙古大汗”称号的继承也没有得到蒙古诸部的一致承认。
1271年，忽必烈取《易经·乾卦》“大哉乾元，万物资始，乃统天”之意改国号为“大元”。1271年12月18日，公布《建国号诏》，建立汉语国号为大元，次年迁都燕京，称大都。元朝是中国历史上第一个把“大”字加于正式国号之中的大一统王朝，除此前仅统治了华北地区的辽朝和金朝等外，之前各朝的“大”字均为尊称。宣布新王朝为继承历代中原王朝的中华正统王朝，史称元朝，忽必烈即元朝的开国皇帝，庙号元世祖。1279年(至元十六年)，元军在崖山海战消灭南宋，史称“崖山后无中国”，一统中国并结束了南宋与金国南北政权对峙之局面，结束自窝阔台攻宋以来40多年的蒙宋战争。
元朝建立后，承袭了蒙古帝国在中国北方、蒙古高原以及西伯利亚的主要领土，蒙古帝国西征而来的土地却不在元朝统治范围之内。元朝领土经过多次扩展后，于1310年元武宗时期达到全盛，西到吐鲁番，西南包括西藏、云南及缅甸北部，北至都播南部与北海、鄂毕河东部，东到日本海，被誉称“东尽辽左西极流沙，北逾阴山南越海表，汉唐极盛之时不及也”。元朝至元成宗时，经过一系列战争和协商，获得钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国与伊儿汗国等四大汗国承认为宗主国，并且元朝皇帝为名义上的“蒙古大汗”继任者;其藩属国涵盖高丽与东南亚各国。
元朝的疆域空前广阔，北至北海、东到日本海，西藏和台湾第一次被纳入中国版图。元世祖到元武宗期间元朝国力鼎盛时期，军事上平定西北。之后元朝持续对外扩张，但在出海征伐日本和东南亚诸国时屡遭失利，如元日战争、元越战争、元缅战争、元爪战争等。元中期政变频繁，政治始终未上正轨。元惠宗晚期政治腐败，权臣干政，滥发纸币导致通货膨胀，民族矛盾与阶级矛盾日益加剧，为了治理泛滥的黄河又加重徭役，最后导致1351年爆发红巾军起起义。1368年，朱元璋称帝建立明朝，随后派大将徐达北伐驱逐元廷攻占大都，元朝结束。此后元廷退居漠北，史称北元。北元后主天元十年(1388年)去大元国号(一说1402年元臣鬼力赤篡位建国鞑靼)，北元亡。